1621年顏思齊、鄭芝龍等，據笨港、台江(今七股)為根據地。1624年荷蘭據台南地區建熱遮蘭城。1662鄭成功領台，台南縣境大部分屬於天興縣，小部份屬萬年縣，後則將縣改稱為州。1684年清治後，於台灣設置台灣府，以及台灣、鳳山、諸羅三縣，台南縣境分屬台灣縣與諸羅縣。1885年，台灣建省，改原有之台灣府為台南府。日本 治台時，1896年將台南府改設台南縣。1901年改為台南廳。1920年始改為台南州。1945年台南州轄之台南與嘉義二市劃為省轄市，其餘十郡六十五街庄編為台南縣。
1946成立台南縣政府，改郡為區，改街庄為鄉鎮。繼則復將水上、太保二鄉劃歸嘉義市，安順鄉編入台南市。1950年重劃行政區域後，台南縣僅轄原新營、新化、新豐、北門、曾文等五區。
1968年，學甲鄉升格為學甲鎮。1981年台南縣政府所在地位於新營鎮，改制為新營市。
